成都市环境保护产业协会最高权力机构为会员大会（会员代表大会），常设机构为协会秘书处。秘书处内设有：综合部、会员部、培训部、咨询部、产业部等五个部门。协会分支机构设有：大气污染治理专委会、监测专委会等专业委员会和成都市环境保护产业协会第一分会。